จอมใจอโยธยา เป็นเรื่องราวของ เพียงรุ้ง (ญดา นริลญา) สาวรุ่นใหม่ดีกรีนักเรียนนอก ประสบความสำเร็จด้วยการคว้าปริญญาเอกกลับบ้านที่เมืองไทย แต่ต้องพบความความขัดแย้งระหว่างคุณพ่อกับคุณคุณป้าที่ต้องการขายบ้านมรดกของตระกูล เมื่อไปถึงบ้านของตระกูลที่อยุธยา ชีวิตของเธอก็เปลี่ยนไปตลอดกาล เพราะหนังสือโบราณเล่มหนึ่งจากตู้หนังสือขอของคุณย่า ได้พาเธอย้อนห้วงเวลาไปยังอดีตสมัยกรุงศรีอยุธยา และพบว่าตัวเธอเองคือ ยี่โถ นางกำนัลของ พระสุพรรณกัลยา (เฌอปราง อารีย์กุล) ซึ่งอยู่ร่วมทุกข์ร่วมสุขกับพระนางตลอดเวลา และเพียงรุ้งในร่างของยี่โถยังได้พบกับ ขุนพัน (ก๊อต จิรายุ) ชายหนุ่มที่มีความผูกพันกับเธอทั้งในอดีตและปัจจุบัน