อีธาน ฮันต์ถูกตามตัวหลังหน่วย IMF พบว่ามีคนใช้ตัวตนของเขาทำภารกิจปกป้องดร. เนโครวิตช์ ในการเดินทางมาสหรัฐอเมริกา แต่ดร. เนโครวิตช์กลับเสียชีวิตในเหตุเครื่องบินตก ดร. เนโครวิตช์เป็นนักชีวเคมีผู้สร้างไวรัสคิเมียราและยารักษาบิลเลโรฟอนให้บริษัทไบโอไซต์ ซึ่งไวรัสและยารักษาหายไป IMF เชื่อว่าคนที่เอาไปคือฌอน แอมโบรส อดีตสายลับ IMF ฮันต์จึงได้รับภารกิจให้ไปตามไวรัสและยารักษาคืนมาโดยเลือกสมาชิกได้เอง 2 คน แต่คนที่ 3 ต้องเป็นไนยาห์ นอร์ดอฟ-ฮอล นักโจรกรรมมืออาชีพที่เข้าถึงตัวแอมโบรสได้เพราะสองคนนี้เคยคบหากันมาก่อน